《庆余年》神庙的秘密是，它是上个文明的残留物，保存许多上个文明生产的武器，是最大的武器博物馆。范闲的母亲叶轻眉是为数不多知道神庙秘密的人。她的仆人，保护范闲长大的五竹其实是神庙的机器人。
多年前，叶轻眉从现代穿越到南庆，她的灵魂附在神庙一位少女身上。因为不愿意受神庙摆布，叶轻眉拼死逃出。
叶轻眉虽然已经死了，但留下了不少发明创造，赚得盆满钵满。她还提出了独立民主自由的理念。更离奇的是，她给儿子留下了个箱子，里面是把狙击枪。遇到这样的亲妈，范闲不服不行啊！
五竹是神庙的一名机器人，外表和普通人类无异。在神庙的时候，叶轻眉见过他，很是同情他被困在神庙的命运。历经艰辛逃走后，叶轻眉于心不忍，冒着巨大的风险折回去，把五竹也带出来。五竹心甘情愿奉叶轻眉为主，留在叶轻眉身边照顾她。
庆帝将叶轻眉害死后，五竹拼死保护叶轻眉的儿子范闲，将他带到澹州抚养长大。范闲早就将五竹当作自己的家人。
其实神庙是一座史前文明军事博物馆，拥有智能化管理系统（里面的老管理员遵循机器人三大定律，类似于电影机械公敌里的三大定律）。而五竹和里面的仆人甲是机器人，已经存在几万年了（仆人甲被五竹杀掉后跑到帝都神庙被僧侣毁尸灭迹时让庆帝看见了，庆帝后来说：烧完后留下堆奇怪的东西。
根据后面的描写，这里应该是地球上一次文明毁灭时，建造的一个高端智能博物馆，其中的那个老头子是个高智能AI，神庙的作用是保存以前的科技树，也用来引导二次文明的进步发展，书前段的天启者，其实只是相当于无意中发现了神庙的人，神庙靠他们来传播科技知识，也依此来获得人世界的尊重与供养！
其实，叶轻眉是一位理科女博士，智商开挂。这座神庙则曾经是一座军事博物馆，里面藏着一把狙击枪。最终，叶轻眉将这把狙击枪留给了自己的儿子。庆帝将神庙视作珍宝，认为它是一切神奇力量和奇思妙想的来源，但他做梦都没想到，这里并非供奉着神明，而是藏着现代化武器。
