《庆余年》的故事背景设定在星球核爆后，到处都充满着核辐射，地球已经不适合人类生存，于是幸存者们有的去了其他星球，有的在北极军事博物馆建立了不受核辐射影响的神庙。
过了不知多少年，地球上又出现了原始人类，这些人类已经适应了核辐射，于是，神庙派神使去教他们耕种等，从原始文明逐渐到了封建社会。
叶轻眉是现代的工科女博士，她穿越到神庙的一个小女孩身上，几年之后，她厌倦了神庙生活，不想再面对冷冰冰的机器，恰逢肖恩和苦荷来神庙寻找长生的秘密。
在两人的帮助下，叶轻眉成功逃了出来，还带走了机器人五竹、一把重型狙击步枪和一些武功秘籍，她将其中一本武功秘籍给了苦荷，使他成为一代宗师。
叶轻眉和五竹来到东夷城后，遇见了四顾剑，那时的四顾剑还没有名字，他是城主的儿子，但因为是丫鬟所生，所以受尽欺凌，不仅住狗窝，还因为喜欢数蚂蚁被认为是白痴。
在叶轻眉的帮助下，他修炼了四顾剑，成为大宗师，杀了城主一家，只有一个小弟逃了出来，这个小弟就是影子，后来他便一直跟在陈萍萍身边，想要找机会报仇。
叶轻眉和五竹在东夷城生活了几年后，便再次踏上征程，他们在庆国遇到了还是诚王世子的庆帝、庆帝奶妈的儿子范建以及陈萍萍，于是便在庆国的太平别院住了下来。
她悲悯天下、性格善良、外貌美丽，想要改变这个世界，于是杀了大皇子和二皇子，助庆帝登基，建立鉴查院，监控整个庆国，还造出玻璃等现代产物，成为一方首富。
但她觉得自己太过孤单，于是借庆帝的种子怀了范闲，想将范闲培养成一个拥有现代思想的古代人，这样自己也能有个说话的伴儿，可惜范闲出生时她便被庆帝设计害死了。
当时庆帝、范建都喜欢叶轻眉，但范建碍于身份，只能将这份喜欢深埋心底，叶轻眉将陈萍萍当做普通人看待，给予他尊重，所以对陈萍萍来说，叶轻眉在他心中的地位比庆帝还要重要。
虽然庆帝也喜欢叶轻眉，但他更喜欢权利，叶轻眉的存在一直威胁着他的帝位，再加上太后、长公主，甚至神庙的人都想杀叶轻眉，于是庆帝便有了一个天衣无缝的计划。
大战爆发，庆帝御驾亲征，陈萍萍和范建都因为战争离开叶轻眉身边，五竹也被神庙的人调走，叶轻眉身边没人保护，在生产时被杀，然后五竹赶回来救走了范闲，这才有了《庆余年》的故事。
